W sezonie 2006/2007 Włodawianka zajęła 3. miejsce w okręgówce, natomiast w kolejnym wygrała rywalizację i awansowała do IV ligi. Czwartoligowy sezon 2008/2009 Włodawianka kończy na 14 pozycji, spadając tym samym do chełmskiej ligi okręgowej. Sezon 2009/2010 w chełmskiej lidze okręgowej kończy na pierwszym miejscu, ponownie awansując do IV ligi. W 2010 roku piłkarze Włodawianki wygrywają finał Pucharu Polski na szczeblu Okręgu chełmskiego i reprezentują okręg w półfinale okręgu lubelskiego ustępując 0 : 1 po zażartej walce drużynie mistrza III ligi Spartakusa Szarowola.
Sezon 2010/2011 Włodawianka kończy na 6 miejscu w tabeli IV ligi lubelskiej. Trenerem w tym okresie jest Marek Drob. Kolejne dwa sezony Włodawianka występuje w IV lidze, opuszczając ją na rok gry w klasie okręgowej by wygrać zdecydowanie tę klasę rozgrywkową i w sezonie 2014/2015 po roku powraca do IV ligi.
Kolejne sezony Włodawianka spędza w IV lidze. Sezon 2017/2018 zaczyna się dla zespołu fatalnie. Po czterech wysokich porażkach, trener Marek Drob ustępuje z funkcji. Włodawiance nie udaje się znaleźć trenera z licencją, w konsekwencji drużyna wycofuje się z rozgrywek i zgłasza się jako Włodawianka II Włodawa do rozgrywek A-klasy.