Wynika zazwyczaj z różnych mechanizmów genetycznych, podczas gdy paralelizmy powstają w wyniku podobnych przyczyn genetycznych.
Fenotypowe podobieństwo może wynikać z homoplazji na różnych poziomach, takich jak różne mutacje tego samego genu, różnych genów lub różnych funkcji genów, co sugeruje, że wpływ doboru naturalnego na ewolucję fenotypów jest ograniczony czynnikami genetycznymi.
Powstawanie homoplazji Homoplazje nie należą do rzadkich zjawisk. Mogą one powstać w różnych mechanizmach.
Jednym z nich jest konwergencja. Polega ona na powstawaniu zewnętrznie podobnych do siebie cech na drodze różnych przemian. Futuyma jako przykład podaje ewolucję oczu kręgowców i głowonogów. W każdym z tych dwóch przypadków w oku można wyróżnić siatkówkę czy też soczewkę. Jednakże głębsze przyjrzenie się tym strukturom ujawnia istotne różnice. Z siatkówki w obu przypadkach wychodzą zmierzające do mózgu aksony komórek nerwowych. Jednak u kręgowców wychodzą one ze szczytowej części komórek, natomiast u głowonogów z tylnej. Świadczy to o ich różnym pochodzeniu.
Do zjawiska konwergencji podobny jest paralelizm ewolucyjny, gdy dana cecha powstaje niezależnie u organizmów blisko ze sobą spokrewnionych.