Rola w filogenetyce Homoplazje odgrywają dużą rolę w filogenetyce. Utrudniają wykonywanie analiz filogenetycznych.
Jednym z założeń teorii ewolucji od czasów Darwina jest to, że różne taksony może łączyć wspólne pochodzenie – powstały na drodze ewolucji ze wspólnego przodka. W miarę zachodzenia tego procesu pojawiały się u nich kolejne cechy, którymi różne gałęzie wywodzące się od wspólnego pnia zaczęły różnić się od siebie. Powstawały cechy nowe, czyli apomorfie. Nowe cechy charakterystyczne dla danego taksonu, czyli synapomorfie, mają kluczowe znaczenie w analizie filogenetycznej.
Analizę filogenetyczną rozpoczyna się właśnie od wyboru cech, które mają posłużyć odtworzeniu filogenezy. Jednakże fakt, że jakaś cecha występuje u kilku organizmów, nie oznacza wcale, że musi być ona synapomorfią. Może być starą ewolucyjnie cechą, a więc symplezjomorfią. Nawet jednak nowa apomorfia nie musi oznaczać synapomorfii. Może być także homoplazją, a więc wspólną cechą niebędącą synapomorfią, w przeciwieństwie do synapomorfii nie mającą pozytywnej wartości dla ustalania pokrewieństw pomiędzy organizmami, a nawet utrudniającą odgadnięcie tych pokrewieństw.