Ustawa o transporcie kolejowym z 28 marca 2003 narzucała na przewoźników kolejowych obowiązek uzyskania licencji na wykonywanie kolejowych przewozów rzeczy i osób, a na zarządców infrastruktury obowiązek posiadania świadectw bezpieczeństwa. 27 lutego 2004 PKP LHS uzyskała licencję przewozową wydaną przez Urząd Transportu Kolejowego.

W 2004, zgodnie z wcześniej zaplanowaną restrukturyzacją PKP, przedsiębiorstwo miało zostać sprywatyzowane. Ministerstwo Infrastruktury rozpoczęło rozmowy o powołaniu polsko-rosyjsko-ukraińskiej spółki odpowiedzialnej za kolejowe przewozy towarów z Dalekiego Wschodu do terminalu Sławków Południowy LHS. Planowano utworzyć ją do końca I kwartału 2005 i strona polska miała do niej wnieść aportem infrastrukturę linii LHS. Zatwierdzona 22 lutego 2005 przez Radę Ministrów „Strategia restrukturyzacji i prywatyzacji grupy PKP S.A.” zakładała sprzedaż spółki PKP LHS inwestorowi strategicznemu do 2007. Ostatecznie prywatyzacja ta nie została przeprowadzona z uwagi na sprzeciw związków zawodowych.