W 2005, a następnie na przełomie 2008/2009, nastąpiło znaczne zmniejszenie przewozów, co było wynikiem ograniczenia pracy Huty Katowice i dekoniunktury na światowym runku stali. Spowodowało to konieczność dywersyfikacji pracy spółki i ograniczenie udziału rudy żelaza w masie przewozowej z ponad 60% w 2009 do 48% w I półroczu 2011.
22 grudnia 2006 spółka otrzymała od UTK świadectwo bezpieczeństwa dla zarządcy infrastruktury kolejowej i przewoźnika kolejowego.
We wrześniu 2007 przedsiębiorstwo podpisało z PKP Cargo umowę o współpracy w przewozach międzynarodowych.
mały|Terminal Szczebrzeszyn LHS uruchomiony 1 grudnia 2008 19 sierpnia 2008 Agencja Rozwoju Przemysłu i Centrala Zaopatrzenia Hutnictwa oraz PKP i PKP LHS zawarły list intencyjny, w którym zadeklarowały chęć współpracy w zakresie intensyfikacji przewozów towarów, w szczególności pomiędzy Azją i Dalekim Wschodem a Europą przy wykorzystaniu linii LHS i Międzynarodowego Centrum Logistycznego. 1 września spółka uruchomiła swoje przedstawicielstwo handlowe w Katowicach. Jego działalność jest skupiona na województwie śląskim, małopolskim i dolnośląskim. Świadczy ono kompleksową obsługę klientów i pozyskuje nowych kontrahentów.