Więzienia Wurmbrand spędził trzy lata w więziennej izolatce. Jego małżonka, Sabina, została aresztowana w 1950 i skierowana na trzy lata do obozu pracy przy morderczej budowie kanału Dunaj-Morze Czarne. Pastor Wurmbrand został zwolniony w 1956, po ośmiu i pół roku, i pomimo zakazu głoszenia podjął na nowo pracę w podziemnym kościele. Aresztowano go ponownie w 1959 i skazano na 25 lat. W więzieniu był bity i torturowany. W 1964, dzięki politycznemu naciskowi, uzyskał amnestię i wyszedł na wolność. Licząc się z możliwością kolejnych represji, norweska Misja Do Żydów i Hebrajskie Przymierze Chrześcijańskie wynegocjowały z komunistycznymi władzami jego zwolnienie z Rumunii za cenę 10,000$. Do momentu swojego zwolnienia Wurmbrand był uznawany za głowę kościoła podziemnego, zaś potem stał się głosem prześladowanego kościoła.