Rok później w jego stolicy, Pradze powstało biskupstwo. Ponieważ biskup praski podlegał arcybiskupowi Moguncji, nie umniejszyło to uzależnienia kraju od Rzeszy.
W 990 r. Czechy prowadziły wojnę z sąsiednim państwem Mieszka I, w wyniku której utraciły Śląsk i (być może już w latach 986/7) Małopolskę. W 995 miał miejsce epizod rywalizacji dynastycznej – z przyzwoleniem władcy ród Wrszowców wymordował inny, opozycyjny wobec Przemyślidów ród Sławnikowiców. Bolesław Pobożny zmarł w 999 r., a na tron wstąpił jego syn Bolesław III Rudy. Rozpętał terror, a jego bracia w obawie przed zgładzeniem uciekli do Niemiec. W 1003 r. wyczerpany wewnętrznie kraj uległ najazdowi polskiego księcia, syna Mieszka i Dobrawy, Bolesława Chrobrego, który opanował cały kraj i ogłosił się jego księciem. Nieudolność osadzonego na tronie Władywoja zmusiła Chrobrego do samodzielnego objęcia rządów w latach 1003–1004. Rozszerzenia wpływów polskich nie chciał jednak zaakceptować król niemiecki Henryk II, któremu Bolesław odmówił hołdu lennego z Czech. W 1004 wojska niemieckie i powstanie czeskie obaliły rządy Bolesława w Pradze.