Konsekrował 39 polskich biskupów oraz asystował w konsekracji jednego biskupa. W kwietniu 2005 brał udział w konklawe, na którym został wybrany papież Benedykt XVI. Był jednym z trzech skrutatorów, którzy podpisali dokumenty stwierdzające zakończenie tego konklawe.
Arcybiskup senior thumb|Józef Glemp udekorowany Orderem Orła Białego (2009) 6 grudnia 2006 papież Benedykt XVI przyjął jego rezygnację z urzędu arcybiskupa metropolity warszawskiego, pozostawiając mu tytuł prymasa Polski. Do czasu objęcia urzędu przez jego następcę Stanisława Wielgusa papież zlecił mu pełnienie obowiązków administratora archidiecezji, natomiast po złożeniu rezygnacji przez Wielgusa pełnił od 7 stycznia do 1 kwietnia 2007 funkcję administratora apostolskiego. Godność prymasowską zachował do 18 grudnia 2009, kiedy to ukończył 80. rok życia. Wówczas tytuł prymasa został przywrócony metropolitom gnieźnieńskim.
9 czerwca 2007 Benedykt XVI przyjął jego rezygnację z funkcji ordynariusza wiernych obrządku wschodniego w Polsce, pozbawionych ordynariusza własnego obrządku.
W 2009 wystąpił w filmie Popiełuszko. Wolność jest w nas, w którym zagrał samego siebie.
thumb|Grób Józefa Glempa w krypcie arcybiskupów warszawskich w Archikatedrze św. Jana w Warszawie