Wewnątrz bazyliki na ścianie z głównym wejściem znajduje się fresk Zwiastowania, wykonany po 1592 roku przez Stefano Pieri na zlecenie kardynała Alessandro de'Medici. Powyżej znajdują się sceny z życia Mojżesza autorstwa Giovanniego Balducciego. Ściany nawy głównej ozdobione są 8 freskami ilustrującymi sceny z Męki Pańskiej.

W środkowej nawie znajduje się kamienna płyta przykrywająca studnię, w której według legendy św. Prakseda miała pochować szczątki około 2000 męczenników.

Apsyda ozdobiona jest mozaiką przedstawiająca Chrystusa, po którego prawej stronie stoją św. Piotr, św. Pudencjana, św. Zenon, a po lewej św. Paweł, św. Prakseda i papież PaschalisSari Gilbert, Michael Brouse, Przewodnik National Geographic – Rzym, G+J RBA Sp. z o.o.& Co. Spółka Komandytowa, 2002, s. 83, . Niższy pas mozaiki przedstawia Baranka Bożego w towarzystwie 12 owiec, symbolizujących Apostołów, na skrajach z kolei znajduje się przedstawienie Betlejem i Jerozolimy jako miejsc narodzin i śmierci Chrystusa. Na łuku tęczy znajduje się mozaika przedstawiająca Niebieskie Jeruzalem, w którym Jezus jest czczony przez aniołów i świętych (m.in. Matkę Bożą, św. Jana Chrzciciela, św.