Po odzyskaniu niepodległości, Meksyk stał się cesarstwem pod despotycznymi rządami Iturbidego, który został szybko obalony. Wcześniej jednak zdążył nadać Bustamantemu rangę kapitana generała. Po wygnaniu Iturbidego, Bustamante uzyskał dla siebie stanowisko w Rządzie Tymczasowym (Junta Provisional Gubernativa), który stał się ostoją dla reakcyjnych rządów konserwatystów.
W 1829 roku Bustamante został wiceprezydentem przy prezydencie Vicente Guerrerze (1782–1831). Guerrero okazał się jednak niekompetentnym prezydentem, który nie umiał sobie poradzić z hiszpańskimi próbami odzyskania Meksyku w 1829 roku (Hiszpanie zorganizowali wtedy ekspedycję w celu przywrócenia swoich rządów w tej dawnej kolonii). Bustamante doprowadził wtedy do zorganizowania spisku przeciwko Guerrerze w ramach „Planu de Jalapa”. W latach 1830–1832 pełnił obowiązki wiceprezydenta odpowiedzialnego za prace rządu za potwierdzeniem Kongresu i pełniący obowiązki prezydenta. W tym czasie wzmocnił swoje związki z konserwatystami, którzy zajęli najważniejsze stanowiska w jego gabinecie. Bustamante zorganizował tajną policję i ograniczył wolność prasy. Meksyk w tym okresie coraz bardziej pogrążał się w nieładzie, wzrastało także zadłużenie względem państw europejskich.