Powstanie wojskowych w garnizonie w Veracruz przyczyniło się do obalenia władzy Bustamantego a on sam musiał uciekać z kraju.
W ciągu 5 lat siły, które doprowadziły Bustamantego do upadku, przywróciły go z powrotem do władzy. W 1837 roku Bustamante został wybrany prezydentem Meksyku. W trakcie jego prezydentury doszło m.in. do francuskiej inwazji w 1838 roku i oblężenia VeracruzOxford. Ilustrowana encyklopedia uniwersalna. Historia świata od 1800 roku do współczesności, red. H. Judge, Warszawa 1998, s. 60. oraz secesji stanów Jukatan, Tabasco i Chiapas. Wszystkie te wydarzenia wzmogły krytykę przeciwko Bustamantemu zarówno ze strony liberałów, jak i konserwatystów.
Utrata politycznego oparcia ze strony konserwatystów osłabiła pozycję Bustamantego. W 1840 roku rozpoczęła się seria niepokojów politycznych, które zakończyły się oblężeniem miasta Meksyk przez rebeliantów w 1841 roku i ostatecznym usunięciem Bustamantego z urzędu w 1841 roku, który po raz kolejny został zmuszony do ucieczki z kraju. Na krótko na scenę polityczną wrócił pod koniec lat 40.