Repertuar składał się wówczas przede wszystkim z oper francuskich i włoskich, ale znaleziono też miejsce dla rodzimych dzieł rosyjskich. Przebudowy budynku między 1802 a 1803 rokiem dokonał Jean-François Thomas de Thomon, jednakże teatr Wielki spłonął w 1811 roku. Odbudowa zakończyła się w 1818 roku. Kolejne lata znane są jako złota era rosyjskiego baletu, z premierą Życia za cara Michaiła Glinki w 1836 roku. W kolejnych latach opery wystawiane były na deskach teatru Aleksandryjskiego i tzw. Teatru-Cyrku. Ten ostatni spłonął w 1859 roku i na jego miejscu rozpoczęto budowę nowego, obecnego gmachu. Autorem projektu architektonicznego był Alberto Cavos. Otrzymał on nazwę Teatru Maryjskiego (Mariinskij tieatr) na cześć małżonki cesarza Aleksandra II Romanowa, Marii Aleksandrowny. Inauguracja nastąpiła 2 października 1860 roku, a wykonano wówczas Życie za cara.