W 1938 Miegoń zainicjował budowę kościoła garnizonowego na Oksywiu. W 1939 stanowisko administratora parafii wojskowej w Gdyni łączył z funkcją kapelana Floty.
II wojna światowa i śmierć Podczas kampanii wrześniowej uczestniczył w walkach Lądowej Obrony Wybrzeża. Pełnił służbę kapelana, spędzając długie godziny w Szpitalu Morskim w Babich Dołach. 19 września dostał się do niewoli niemieckiej. Niemcy, zgodnie z konwencjami genewskimi, postanowili jednak zwolnić kapelana Miegonia. Otrzymał dokumenty gwarantujące mu nietykalność, odrzucił je jednak, aby pozostać z żołnierzami, którzy potrzebowali jego posługi. Miał powiedzieć: „Pragnę znosić ciężar niewoli wraz z żołnierzami!”. 2 października na pokładzie statku MS „Wilhelm Gustloff „został przewieziony z Gdyni do Flensburga. Przebywał w Stalagu IX C Rothenburg. Stamtąd, za zorganizowanie w oflagu uroczystości patriotycznych z okazji 11 listopada, został przewieziony do obozu koncentracyjnego w Buchenwaldzie. Niemcy przestali już wtedy respektować konwencje genewskie – jako oficer miał prawo przebywania w obozie jenieckim, jednak z uwagi na to, że był kapłanem, odmówiono mu tego prawa. Od 8 lipca 1942 był więźniem numer 21 223 obozu koncentracyjnego Dachau. Tam zginął zamęczony. Ciało spalono w krematorium.