Wyjechał, aby odbyć studia z zakresu prawa kanonicznego na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim w Lublinie. Istnieją także przesłanki, że przeniesienie miało związek z publiczną krytyką zamachu majowego, którą miał wygłosić.
Do 1932 Miegoń był kierownikiem Rejonu Duszpasterstwa w Lublinie. 16 stycznia 1934 zastąpił ks. kapelana Jerzego Szackiego na stanowisku administratora parafii wojskowej w Gdyni. W ramach swoich obowiązków święcił bandery okrętowe, odprawiał nabożeństwa na pokładach statków, odbywał z marynarzami podróże w rejsach szkoleniowych. Stworzył również bibliotekę na Oksywiu. Mimo eksponowanego stanowiska nigdy nie okazywał wyższości. Wyrazem tego były humorystyczne wręcz sceny rozgrywające się na ulicach przy spotkaniach z marynarzami, których zwykle pierwszy pozdrawiał. Peszyło to niższych stopniem marynarzy. 4 lutego 1934 został mianowany starszym kapelanem ze starszeństwem z 1 stycznia 1934 i 4. lokatą w duchowieństwie wojskowym wyznania rzymskokatolickiego.
W 1936 brał udział w uroczystościach pogrzebowych gen. dyw. Gustawa Orlicz-Dreszera. Mediował wówczas z proboszczem parafii na Oksywiu, który nie chciał dopuścić do odprawienia w jego kościele mszy świętej żałobnej w intencji „rozwodnika i innowiercy”.