10 lutego 1920 Miegoń brał udział w słynnych zaślubinach Polski z morzem w Pucku. W kwietniu został kapelanem i oficerem oświatowym Komendy Portu Wojennego Puck, a w lipcu mianowany został kapelanem Pułku Morskiego. Uczestniczył w walkach batalionu morskiego podczas wojny polsko-bolszewickiej. W czasie walk frontowych dźwigał i opatrywał rannych. 9 sierpnia 1920 został ranny pod Makowem Mazowieckim. Marszałek Józef Piłsudski osobiście odznaczył go za męstwo okazane na polu walki Krzyżem Srebrnym Orderu Virtuti Militari oraz Krzyżem Walecznych. Pod koniec roku Miegoń powrócił na stanowisko kapelana Komendy Portu Wojennego Puck.
29 maja 1921 osobiście odprawiał mszę polową w związku z rozpoczęciem budowy portu w Gdyni. Później poświęcał nowe okręty floty Rzeczypospolitej (m.in. ORP „Pomorzanin”). Od 1924 Miegoń pełnił funkcję kapelana komendy portu wojennego Gdynia, gdzie przeniesiono dowództwo floty Marynarki Wojennej. Został również proboszczem parafii Najświętszej Marii Panny Królowej Polski w Gdyni. Wtedy też rozpoczął pracę nad składem i repertuarem powstającego przy komendzie teatru amatorskiego. Z czasem nie było gdyńskich uroczystości bez udziału tego zespołu, a także bez powołanego przez Władysława zespołu instrumentalno-wokalnego. W 1928 Miegoń przerwał pracę duszpasterską w środowisku marynarskim.