Życie prywatne W latach 1998–1999 spotykała się z Topherem Grace. Od maja 1999 do maja 2007 jej chłopakiem był Christopher Masterson. W lipcu 2007 spotykała się z Anthonym Kiedisem, wokalistą Red Hot Chili Peppers. Od października 2008 do listopada 2013 była związana ze Scottem Michaelem Fosterem.
W październiku 2016 zaręczyła się z aktorem Benem Fosterem, za którego 3 czerwca 2018 wyszła za mąż. Mają córkę, Ellę (ur. 2017) i syna (ur. 2020).
Prepon była wyznawczynią scjentologiiLiz McNeil (2021-08-17) Laura Prepon on Motherhood, Sharing Her Truth and Her Decision to Leave Scientology. (ang.) People [dostęp 2021-09-19]..
Filmografia Filmy 2001: Southlander jako Seven Equals Five 2002: Luzacy jako Reanna Cass 2004: Lightning Bug jako Angevin Duvet 2004: The Pornographer: A Love Story 2006: Come Early Morning jako Kim 2006: Karla jako Karla Homolka 2007: Once Upon a Time 2007: The Chosen One jako Rachel Cruz (głos) 2012: Żądze i pieniądze jako Holly 2012: The Kitchen jako Jennifer 2016: Dziewczyna z pociągu jako Cathy 2017: The Hero jako Charlotte