Drugi kościół mikuszowicki został wzniesiony w 1455 r. z drewna sosnowego przez cieślę o nazwisku Mączka na zlecenie byłego rozbójnika Maćka Konity. Przez krótki czas był kościołem parafialnym, jednak wkrótce stał się filią parafii w Łodygowicach. W pierwszej połowie XVI w., po uznaniu luteranizmu za oficjalne wyznanie księstwa oświęcimskiego, do którego należały Mikuszowice, świątynię przejęli protestanci. Do katolików wróciła ona w 1615 r. na skutek zabiegów kasztelana łodygowickiego Piotra Warszyckiego. Kościół spłonął 7 kwietnia 1687 r. od uderzenia pioruna.
Budowę obecnego kościoła św. Barbary zakończono w roku 1690. Został on wzniesiony na zlecenie łodygowickiego proboszcza Urbana Kupiszowskiego przez miejskiego cieślę Piotra Piotrowskiego z drewna modrzewiowego, w dominującym wówczas w budownictwie sakralnym stylu śląsko-małopolskim. Poświęcenia dokonano w 1692 r.
Duże zmiany we wnętrzu nastąpiły w XVIII w. Z tego okresu pochodzi polichromia, ołtarz główny i ołtarze boczne, a także figury ewangelistów.
W wyniku konfliktu z proboszczem o dziesięciny, władze kościelne wystawiły kościół w 1796 r. na licytację. Wykupiony za 50 złotych reńskich przez chłopów z Mikuszowic i okolicznych wiosek stał się filią parafii w Wilkowicach.