W XIX w. świątynia była dwukrotnie przebudowywana: w 1851 r. przez cieślę Walentego Fijaka została dobudowana wieża, natomiast w 1870 r. podwyższono ją.
W 1935 r. tryptyk ołtarzowy z 1470 r., który znajdował się w kościele przeniesiono do Muzeum Narodowego w Krakowie, natomiast w Mikuszowicach w 1987 r. umieszczona została jego kopia.
7 września 1965 r. dekretem metropolity krakowskiego Karola Wojtyły erygowana została odrębna parafia św. Barbary w Mikuszowicach, obejmująca północną część dotychczasowej wilkowickiej. Od 1992 r. należy ona do diecezji bielsko-żywieckiej (wcześniej zarówno łodygowicka i wilkowicka, jak i odrębna mikuszowicka należały do krakowskiej).
W latach 1993–1994 przeprowadzono prace konserwatorskie i renowacyjne XVIII-wiecznej polichromii.
Architektura Kościół św. Barbary jest typowym przykładem drewnianych kościołów wiejskich o konstrukcji zrębowo-słupowej, w stylu śląsko-małopolskim, który dominował wówczas w budownictwie sakralnym w tym regionie.