Już jako etatowy oficer wojska koronnego walczył ze Szwedami na czele chorągwi Myszkowskiego w bitwach pod Żarnowem (16 września 1655 r.) oraz Wojniczem (3 października 1655)A. Przyboś, Myszkowski Władysław, s.402; E. Janas, L. Wasilewski, Społeczne aspekty rozwoju husarii...., s.77. Po przegranej bitwie pod Wojniczem, Wilczkowski posłował od wojska do króla polskiego Jana Kazimierza w celu uzyskania informacji, jakie monarcha miał realne plany powstrzymania natarcia szwedzkiego oraz moskiewskiegoŻytkiewicz do Jana Kazimierza 18 X 1655 (w:) Pisma do wieku, t. 1, cz. 1, s. 137..
10 października 1655 r. Wilczkowski otrzymał starostwo zwinogrodzkieAkta grodzkie i ziemskie z czasów Rzeczypospolitej polskiej: z archiwum tak zwanego bernardyńskiego we Lwowie, t.10, Lwów 1884, s. 274..
W czasie potopu szwedzkiego pułkownik Wilczkowski stojąc na czele królewskiego pułku, z początkiem 1656 r. zaatakował pod Zakrzewem w powiecie radomskim, podjazd szwedzki pułkownika Ascheberga, o czym pisze m.in. Henryk Sienkiewicz w "Potopie". Kolejno walczył w bitwie pod Warką (7 kwietnia 1656 r.), a następnie ze swoją chorągwią wziął udział w bitwie pod Kłeckiem (7 maja 1656 r.), podczas której został ciężko rannyW. Kochowski, Lata Potopu....., s. 139..