Kolejną przyczyną ograniczeń funkcjonalności nakładki stały się kwestie praw autorskich, w których posiadaniu była firma Apple. Dla przykładu, w produktach Microsoftu poszczególne okna mogły być ułożone wyłącznie sąsiadująco, nie mogąc na siebie nawzajem nachodzić. Pierwsza wersja Windows nie posiadała również kosza na śmieci – miejsca, gdzie można byłoby składować pliki przed ich ostatecznym skasowaniem. Firma Apple twierdziła, iż posiada prawa autorskie do wspomnianych rozwiązań. Microsoft usunął obydwa ograniczenia dopiero po podpisaniu z Apple umowy licencyjnej.
Wersje 2.x
Druga wersja środowiska Windows pojawiła się na rynku 9 grudnia 1987 i okazała się nieco większym sukcesem komercyjnym. Popularność Windows 2.0 po części wynikała z faktu dołączenia do środowiska nowych aplikacji działających w trybie graficznym – Excel i Word for Windows. Obydwa programy były w stanie po wywołaniu z linii poleceń DOS-u uruchomić środowisko Windows i zamknąć je po zakończeniu swojej pracy.