W tym samym roku przyznano mu Specjalną Perłę Honorową.
W sierpniu 2009 Sąd Rejonowy w Poznaniu skazał Jana Winieckiego na karę grzywny w procesie karnym wytoczonym z oskarżenia prywatnego przez Sławomira Skrzypka w związku z felietonem, w którym oskarżony kwestionował jego wykształcenie i kompetencje do zajmowania stanowiska prezesa NBP. Przedmiotowy wyrok został uchylony do ponownego rozpoznania w styczniu 2010 decyzją Sądu Okręgowego w Poznaniu. W lipcu 2012 w pierwszej instancji wobec Jana Winieckiego ponownie zapadł nieprawomocny wyrok skazujący. W wyniku postępowania odwoławczego w lutym 2013 wyrok ten został uchylony, a postępowanie karne prawomocnie umorzone z uwagi na znikomą społeczną szkodliwość czynu.
W listopadzie 2009 z jego inicjatywy Narodowy Bank Polski pozwał Stefana Niesiołowskiego za wypowiedź, w której ten nazwał Sławomira Skrzypka karnym funkcjonariuszem PiS, który dostał zadanie od Jarosława Kaczyńskiego, dlatego szkodzi rządowi i ministerstwu finansów.
Na początku 2010 doszło do sporu pomiędzy NBP i rządem. Sławomir Skrzypek stał na stanowisku, że należy zrezygnować z odnowienia elastycznej linii kredytowej z Międzynarodowego Funduszu Walutowego, odmienne stanowisko prezentował premier Donald Tusk.