Mimo niewielkiego dorobku naukowego (najważniejsza praca do tej pory Rzut oka na północne stoki Karpat pod względem przyrodzenia – nowoczesny jak na owe czasy opis rzeźby terenu, hydrografii, podziału fizycznogeograficznego i elementów etnografii południowej Polski, wydany jednak drukiem dopiero w 1851 r.) w 1849 został mianowany profesorem nadzwyczajnym „geografii powszechnej, fizycznej i porównawczej” na Uniwersytecie Jagiellońskim, gdzie objął pierwszą w Polsce, a drugą na świecie (po berlińskiej, założonej przez Carla Rittera) katedrę geografii (obecnie Instytut Geografii i Gospodarki Przestrzennej Uniwersytetu Jagiellońskiego). Rozpoczęte w styczniu 1850 r. wykłady obejmowały następujące tematy: Pięć części świata w zarysie, Oceanografia, Geografia starożytnego świata, Geografia monarchii austriackiej, Geografia Syrii i Palestyny ze względu na historię biblijną i etnografię Wschodu, Geografia fizyczna, Geografia północnego wschodu Europy, Geografia Ziemi Świętej, Geografia handlowa (pierwowzór geografii społeczno-ekonomicznej, wykłady prowadzone po raz pierwszy na uniwersytecie). Pol zapoczątkował cykl kursów geografii fizycznej dla przyszłych nauczycieli, jak również serię wyjazdów naukowych w okolice Krakowa, w Pieniny i Tatry.