Niestety, z początkiem 1853 został usunięty z uniwersytetu ze względu na rzekomą nielojalność wobec władz zaborczych, a samą katedrę zlikwidowano. W tym krótkim okresie zdołał jednak stworzyć podstawy nowoczesnego nauczania geografii w oparciu o poglądy metodologiczne Carla Rittera i Alexandra Humboldta.
thumb|Tablica w Rzepedzi upamiętniająca pobyt Wincentego Pola w Bieszczadach i Beskidzie Niskim
Po śmierci ukochanej żony osiadł na Pokuciu, a później we Lwowie. Zimę z 1860 na 1861 spędził w Przemyślu, a wiosną 1861 wziął w dzierżawę folwark w Skołoszowie koło Radymna. Podczas zimy z 1861 na 1862 kierował odnową kaplicy Drohojowskich w katedrze przemyskiej, realizowaną według własnych planów. Dalszą pracę utrudnił mu pogarszający się wzrok. We wrześniu 1867 powrócił do Krakowa. Mimo pogarszającego się wzroku, a od 1868 nawet zupełnej ślepoty, brał czynny udział w życiu naukowym miasta. Wygłaszał wykłady poświęcone geografii, m.in. referat, w którym, wbrew poglądom naukowców niemieckich czy rosyjskich, dowodził tezę, że Polska jest zwartym regionem i może istnieć jako samodzielna jednostka polityczna. Ociemniałemu Wincentemu Polowi służył jako sekretarz Ignacy Drewnowski.