Stan techniczny budowli pogarszały jednak kolejne katastrofy. Trzęsienie ziemi z 1834 roku naruszyło jej konstrukcję, natomiast podczas powodzi w 1845 roku wody Hornadu uszkodziły m.in. posadzkę kościoła. W latach 1856–1863 z inicjatywy biskupa Ignáca Fábryego przeprowadzono pierwszą większą XIX-wieczną restaurację. Z pracami związany był Imre Henszlmann, jeden z pionierów badań i ochrony średniowiecznej architektury na Węgrzech. Odnowiono wnętrze, pokrycie dachów, portale i przeszklenia okien, jednak nie usunięto zasadniczych problemów statycznych budowli.
Restauracja w latach 1877–1896 W latach 1877–1896 katedra została poddana gruntownej restauracji prowadzonej według projektu Imre Steindla. Prace miały charakter typowej dla XIX wieku purystycznej regotycyzacji i nie ograniczały się do konserwacji istniejącej substancji, lecz doprowadziły do znacznego przekształcenia układu przestrzennego świątyni.