Największe zmiany przeprowadzono w korpusie nawowym. Średniowieczny kościół miał układ trójnawowy, w którym nawę główną przecinała równie wysoka nawa poprzeczna, a pomiędzy ramionami tego krzyża znajdowały się szerokie, niższe przestrzenie boczne. Układ ten nadawał wnętrzu silnie centralizujący charakter. Podczas restauracji Steindla został on zastąpiony regularniejszym układem pięcionawowym. Szerokie przestrzenie boczne podzielono przez wprowadzenie dodatkowych rzędów podpór i arkad, tworząc po dwie nawy boczne po każdej stronie nawy głównej.
W rezultacie wcześniejszy, nieregularny system przestrzenny został w znacznej mierze zatarty, a wnętrze uzyskało bardziej regularny i podłużny charakter. Współczesne badania wskazują, że układ sprzed restauracji nie był wynikiem przypadkowych błędów budowlanych, lecz świadomie ukształtowaną późnogotycką koncepcją przestrzenną. Steindl nawiązał natomiast do przypuszczalnej pierwotnej koncepcji pierwszej fazy budowy katedry, w której planowano wzniesienie kościoła pięcionawowego.