Nie wiadomo, czy uczelnia faktycznie kontaktowała się ze wszystkimi czterema kandydatami – prawdopodobnie nie, gdyż zaledwie trzy dni później ustalono, że dr Kraepelin będzie jedynym kandydatem na stanowisko profesora zwyczajnego psychiatrii. Wiadomo, że już wcześniej, w kwietniu 1884, z Kraepelinem kontaktował się listownie Emminghaus, dzięki czemu rada wydziału przypuszczalnie znała gotowość Kraepelina do przyjęcia oferty.
W Dorpacie przebywał przez pięć lat, do 1891 roku. W inauguracyjnym wykładzie 6 września 1887 roku przedstawił cele stojące przed ówczesną psychiatrią, wiążąc ich osiągnięcie przede wszystkim z psychologią eksperymentalną. Wiele pracy poświęcił organizacji dorpackiej kliniki, dysponując skromnymi środkami utworzył laboratorium psychologiczne. W tym czasie zaczął intensywną pracę naukową. Uczniami i asystentami Kraepelina w Dorpacie byli: Eduard Robert Michelson, Leon Daraszkiewicz, Heinrich Dehio, Axel Oehrn, Michał Ejner, Albert Behr, Arved Bertels, Maksimilian Falk i Henryk Higier.