Od początku Kraepelin odczuwał uciążliwości związane z biurokracją na dorpackiej uczelni i izolacją kulturalną bałtyckich Niemców, a brak znajomości języka rosyjskiego utrudniał mu kontakt z pacjentami (porozumiewał się z nimi za pośrednictwem asystentów). 9 listopada 1890 otrzymał propozycję objęcia katedry Uniwersytetu w Heidelbergu, którą od razu przyjął. Tego samego dnia wystosował do władz uczelni wniosek o zwolnienie go z obowiązków. Zgodę uzyskał dopiero 25 lutego, ważną od 1 kwietnia. W odpowiedzi na zapytanie rektora i rady wydziału o przyczynę odpisał, że „nie wie nic o Uniwersytecie Jurjewskim i nie ma z nim nic wspólnego”. 1 czerwca 1891 katedrę psychiatrii w Dorpacie objął Władimir Cziż. Z czasem rusyfikacja uczelni doprowadziła do opuszczenia jej przez niemal wszystkich niemieckich profesorów.
W 1891 Kraepelin objął dyrekcję w Heidelbergu, jako następca Carla Fürstnera. Jego asystentami i uczniami w tym czasie byli Aschaffenburg, Gaupp, Rüdin i Nissl. Bliskim współpracownikiem Kraepelina został wtedy także Alois Alzheimer.