Brak możliwości połączenia telefonicznego kontrolera ruchu lotniczego z innym centrum – centralka telefoniczna była tej nocy także konserwowana i czynna była tylko jedna linia zewnętrzna (kontrolerzy nie wiedzieli o dodatkowo podłączonej linii telefonicznej) – kontrolerzy niemieccy, którzy widzieli na swoich radarach, co się dzieje, nie mogli przez to ostrzec kontrolerów w Zurychu (kontroler nie ma prawa wydawać poleceń samolotom poza jego sektorem);
Obsługa drugiego samolotu, którego przelot nie był planowany i znalazł się on w tej przestrzeni powietrznej dodatkowo, poza planowymi lotami;
Niejednoznaczności w przepisach lotniczych – w przypadku, kiedy polecenia kontroli ruchu lotniczego i wskazania przyrządów w samolocie są przeciwstawne, kapitan samolotu ma obowiązek podjąć decyzję, które z nich uzna za obowiązujące, jednakże nie zdefiniowano, co kapitan ma preferować; w rezultacie kapitan Tupolewa wybrał polecenia kontrolera (po wypadku zmieniono przepisy i teraz kapitan ma w takiej sytuacji preferować wskazania przyrządów samolotu).