Geologia Jaskinia powstała na kontakcie warstw skał osadowych. Krasowa część "Złotej Sztolni” utworzyła się na kontakcie niewielkiej soczewy dolomitu krystalicznego o długości wychodni sięgającej 230 m i szerokości ok. 40 m, z bogatymi w żelazo łupkami łyszczykowymi. Są to skały serii strońskiej, w Górach Orlickich reprezentowanej przez liczne odmiany łupków metamorficznych, paragnejsy, porfiroidy, kwarcyty oraz marmury. Skały te zostały przeobrażone w warunkach ciśnienia i temperatury odpowiadających ogniwu pośredniemu między facją zieleńcową i amfibolitową. Utwory serii strońskiej datowane są na górny proterozoik lub starszy paleozoik.
Jaskinia obecnie Obecny stan sztolni różni się znacznie od przedstawionego powyżej. Powodem tego jest stopniowe zapełnianie "Złotej Sztolni" materiałem wnoszonym przez wpadający od jaskini strumień, a przede wszystkim przez katastrofalne opady deszczu i powódź, które w 1998 roku nawiedziły tę część ziemi kłodzkiej. Obfite deszcze i powodzie spowodowały wypełnienie korytarzy. Duże ilości masy ziemnej, zdeponowane poniżej "Mokrego Progu", całkowicie zamknęły początkowy odcinek i wejścia do poziomego "Korytarza Bocznego". Korytarz został całkowicie wypełniony, aż po strop, gruzem skalnym, piaskiem i błotem. Być może dalsze jego partie nie zostały zasypane.