W sierpniu 1912 r. uczestniczył w konferencji w Skolem z przedstawicielami Armii Polskiej oraz Naczelnej Komendy Skautowej w Warszawie celem utworzenia wspólnej Naczelnej Komendy Skautowej na zabór rosyjski. Naczelny Komendant Skautowy interesował się żywo pracą młodzieży w terenie. Jeszcze w 1911 r. wydał polecenie Zygmuntowi Wyrobkowi, by ten zajął się organizacją skautingu w Krakowie.
Interesował się również rozwojem żeńskiego skautingu. W 1912 r. powołał komisję, która miała opracować założenia ruchu żeńskiego, a niedługo potem, we wrześniu 1912 r. utworzona została sekcja żeńska przy NKS. Na kursach K. Wyrzykowski nazywany był Tatuńciem. Podczas pobytu w Tarnopolu, gdzie był 23 marca 1913 r. wygłosił w trakcie inspekcji prelekcję pt. Skautowe wychowanie młodzieży.
Przewidując wybuch wojny światowej i możliwość powołania do wojska, ustąpił z funkcji Naczelnego Komendanta Skautowego. Jako lekarz został powołany i skierowany do Wiednia, gdzie przebywał do końca wojny. Jego następcą został dr Kazimierz Panek.
Rozpoczęcie walk o Lwów było powodem tego, że przedstawiciele skautów lwowskich nie przybyli na zjazd w Lublinie, który odbył się w dniach 1–2 listopada 1918 r. Boje o miasto trwały do 22 listopada 1918 r.