iPhone SE 3 gen. jest ostatnim smartfonem Apple z Touch ID.
Rozpoznawanie twarzy – Face ID Od modelu iPhone X (następnie Xr, XS, XS Max, 11, 11 Pro, 11 Pro Max, 12 mini, 12, 12 Pro, 12 Pro Max, 13 mini, 13, 13 Pro, 13 Pro Max, 14, 14 Plus, 15, 15 Plus, 15 Pro, 15 Pro Max, 16, 16 Plus, 16 Pro, 16 Pro Max, 17, 17 Pro, 17 Pro Max, Air, 18 Pro, 18 Pro Max, Duo) wprowadzono system Face ID, który zastąpił dotychczasowe rozwiązanie Touch ID do identyfikacji użytkownika telefonu. Technologia jest wykorzystywana do odblokowania telefonu, szybkiego logowania i płatności zbliżeniowych.
Aparat cyfrowy iPhone ma wbudowany aparat iSight o rozdzielczości 8 megapikseli z możliwością wykonywania panoram, kręcenia filmów w zwolnionym tempie, rozpoznawania twarzy oraz stabilizacji wideo. Od iPhone'a 11 aparat został ulepszony. Aparat 8 megapikselowy zastąpiono aparatem 12 megapikselowym, TrueDepth. W 2022, Apple postanowiło ulepszyć aparat, zwięszając jego rozdzielczość z 12 na 48 megapikseli. 9 września 2026 roku zaprezentowano aparat główny ze zmienną przysłoną.