Życiorys Jan Wydżga pochodził spod Lwowa, był synem podsędka lwowskiego Jana i Zofii z Kiemliczów Babskiej. We Lwowie kształcił się w kolegium jezuitów, następnie w Belgii (Lowanium). Zwiedziwszy Francję i Hiszpanię udał się na wyższe studia teologiczne do Włoch. W Rzymie uzyskał doktorat z teologii. Po powrocie do kraju otrzymał kanonię, wkrótce potem prepozyturę katedralną lwowską. Był sekretarzem króla Władysława IV, a później Jana Kazimierza.
Referendarz wielki koronny w 1652 roku, mianowany sekretarzem wielkim koronnymUrzędnicy centralni i nadworni Polski XIV-XVIII wieku, Kórnik 1992, s. 138.. Od 1655 był biskupem łuckim. W 1658 został kanonikiem kapituły warmińskiej, która wybrała go na biskupa warmińskiego (1659). Po abdykacji Jana II Kazimierza w 1668 roku, popierał do polskiej korony kandydaturę francuskiego księcia Wielkiego KondeuszaWacław Uruszczak, Fakcje senatorskie w sierpniu 1668 roku, w: Parlament, prawo, ludzie, studia ofiarowane profesorowi Juliuszowi Bardachowi w sześćdziesięciolecie pracy twórczej, Warszawa 1996, s. 317.. Był członkiem konfederacji generalnej zawiązanej 5 listopada 1668 roku na sejmie konwokacyjnymVolumina Legum, t. IV, Petersburg 1860, s. 498..