Z kolei kość udowa uległa złamaniom i niewielkiej kompresji przednio-tylnej, bliższa powierzchnia stawowa nie zachowała się.

Systematyka thumb|left|Drzewo rodowe diplodokokształtnych wedle Sereno i współpracowników, 2007 Autorzy opisu amargazaura zaliczyli go do rodziny dikreozaurów. Salgado w późniejszej pracy uznał jednak dikreozaury za podrodzinę w obrębie rodziny diplodoków, wśród których nie wyróżnia apatozaurów.

Obecnie amargazaur umieszczany jest na powrót w rodzinie dikreozaurów (Dicraeosauridae), wchodzącej w skład nadrodziny diplodokokształtnych (Diplodocoidea). W 1995 Upchurch określił ją jako „zawierającą rodziny diplodoków, dikreozaurów i nową rodzinę nemegtozaurów”, choć można się też spotkać z określeniem jej jako kladu zawierającego diplodoka, ale nie saltazaura. W 2004 Harris i Dodson zdefiniowali dodatkowy klad Flagellicaudata mający obejmować ostatniego wspólnego przodka dikreozaura i diplodoka oraz wszystkich jego potomków. Uważają, że należąca doń Suuwassea emilieae jest taksonem siostrzanym dla wszystkich innych przedstawicieli grupy. Z kolei zawierającą się w tej grupie rodzinę dikreozaurów Sereno w 1998 określił jako klad zawierający dikreozaura, ale nie diplodoka. W zaproponowanej przez niego analogicznej definicji rodziny diplodoków po prostu zamienił oba rodzaje miejscami.