Inni badacze definiują Dicraeosauridae jako najwęższy klad obejmujący dikreozaura i amargazaura właśnie.
W obrębie dikreozaurydów wyróżnić można jeszcze podrodzinę Dicraeosaurinae. Obejmuje ona 2 rodzaje: dikreozaura i jego najbliższego krewnego brachytrachelopana. Tak więc amargazaur jest jedynym przedstawicielem dikreozaurów nie należącym do tej podrodziny.
Nazwa rodzajowa nadana została z uwagi na miejsce znalezienia szczątków – formację La Amarga. Tak więc nazwę tę tłumaczy się jako „jaszczur z La Amarga”.
Jako gatunek typowy wskazano Amargasaurus cazaui. Jego epitet gatunkowy upamiętnia dr. Luisa B. Cazau, który, jak podają autorzy, w 1983 zainteresował ich badaniami formacji La Amarga.
Gdy doszukano się pewnych różnic pomiędzy dwoma wyróżnianymi gatunkami dikreozaura (chodziło głównie o długie wyrostki kolczyste D. sattleri), Salgado zaproponował w 1999 jego bliższe pokrewieństwo z amargazaurem. Uznał nawet D. sattleri za drugi gatunek w rodzaju Amargasaurus. Poza tym widział te gatunki jako ewoluujące w jednej linii (anageneza). Pomysł ten nie spotkał się z szeroką akceptacją.