mały|lewo|223x223px|Krychowiak blokuje strzał Luisa Suáreza (2015) 5 listopada 2015 Krychowiak podpisał nowy kontakt z klubem obowiązujący do końca 2019 roku i zwiększający klauzulę jego odejścia z 30 do 45 milionów euro. Niedługo potem został wybrany jednym z kapitanów zespołu i pełnił tę rolę w siedmiu meczach. Po raz pierwszy kapitańską opaskę założył 8 listopada 2015 kiedy to wyprowadził swoją drużynę na ligowe spotkanie z Realem Madryt, rozgrywane na stadionie Sevilli, Estadio Ramón Sánchez Pizjuán. Mecz zakończył się zwycięstwem Sevilli 3:2, a Krychowiak stał się pierwszym w historii Polakiem pełniącym funkcję kapitana drużyny w Primera División.
6 stycznia 2016 w derbowym starciu z Realem Betis zdobył jedną z bramek dla Sevilli, dzięki którym jego klub awansował do ćwierćfinału Pucharu Króla. Następnie Krychowiak rozegrał w pełnym wymiarze czasowym jeszcze trzy ligowe spotkania- z Athleticiem Bilbao, Levante i Atletico Madryt, po czym nabawił się kontuzji kolana, która wyłączyła go z gry na dwa miesiące. Do gry powrócił 20 marca 2016 rozgrywając całe spotkanie przeciwko Realowi Madryt na Estadio Santiago Bernabéu. Po zajęciu trzeciego miejsca w grupie D Ligi Mistrzów, Sevilla kontynuowała występy międzynarodowe już w Lidze Europy.