Sezon 2015/2016 rozpoczął rozgrywając całe spotkanie w przegranym 4:5 po dogrywce, meczu o Superpuchar Europy UEFA przeciwko FC Barcelonie. Jak podały media Krychowiak zdołał wówczas spędzić na murawie 120 minut pomimo gry z pękniętym żebrem. W tym spotkaniu Polak wystąpił na pozycji środkowego obrońcy, natomiast w kolejnych meczach powrócił na swoją nominalną pozycję defensywnego pomocnika. W rezultacie dobrych występów klub rozpoczął z nim rozmowy ws. przedłużenia kontraktu. Krychowiak określany był przez media mianem jednego z najbardziej zaufanych piłkarzy trenera Unaia Emerego.
15 września 2015 w wygranym 3:0 meczu fazy grupowej pomiędzy Sevillą a Borussią Mönchengladbach zadebiutował w Lidze Mistrzów UEFA, do której Sevilla awansowała dzięki wygraniu poprzedniej edycji rozgrywek Ligi Europy.