Pod koniec XIV w. stała się własnością rycerską z własnym zamkiem. mały|Widok Kowar ze szczytu Śnieżki 4 września 1513 król Czech i Węgier Władysław Jagiellończyk nadał Kowarom prawa miejskie, w 1528 uzyskały prawa wolnego miasta górniczego. Miasto było znaczącym ośrodkiem produkcji broni palnej, zwłaszcza pod koniec XVI wieku. Król Zygmunt August w 1564 zamówił u kowarskich rusznikarzy 200 luf do muszkietów dla swojego wojska. Istniało tu wówczas 11 kuźnic, które dostarczały 3000 cetnarów żelaza.
Wiek XVII to dalszy intensywny rozwój Kowar, który jednak przerwała wojna trzydziestoletnia. Skutecznie zahamowała rozbudowę miasta, wyniszczyła ludność i samo miasto. Polecono wówczas zatopić kopalnie, był to koniec okresu świetności kowarskiego górnictwa. W wyniku upadku przemysłu górniczego i metalurgicznego rozwinęła się produkcja i bielenie płótna lnianego i wyrób tzw. białej przędzy, która szybko stała się specjalnością miasta, rozwijała się również hodowla zwierząt i roślin. W 1720 powstała jedna z pierwszych na Dolnym Śląsku manufaktur płócienniczych.