Na skutek wojen prusko-austriackich (wojny śląskie) Kowary wraz z całym Dolnym Śląskiem zostały przyłączone do Prus. Król Fryderyk II wykupił dobra kowarskie z rąk czeskiego rodu . Wcześniej przez ponad 200 lat Kowarami władali von Schaffgotschowie. Próby rozwoju kowarskiego górnictwa próbowano jeszcze podjąć w XVIII i XIX w., jednak bezskutecznie. Przez ponad 200 lat miasto utrzymywało się dzięki włókiennictwu, i to dzięki niemu większość mieszkańców miała pracę. W końcu XVIII i na początku XIX wieku na tle ogólnego kryzysu gospodarczego m.in. ciężkie zimy i zaraza ziemniaczana nastąpiła stagnacja gospodarcza, bezrobocie, które wywołało zubożenie ludności i narastający kryzys społeczny m.in. bunt tkaczy w 1848. Mimo działań rządu pruskiego nie udało się uratować tkactwa i płóciennictwa chałupniczego. thumb|left|Kowary, pocz. XX w. Lata po I wojnie światowej przyniosły niewielkie ożywienie gospodarcze. Ponownie otwarto kopalnie i rozpoczęto wydobywanie rud żelaza. W 1927 rozpoczęto wydobycie rudy uranu podczas eksploatacji rud żelaza. Po przerwie w eksploatacji w latach 1929–1935, spowodowanej światowym kryzysem, wznowiono pracę kopalni, a uran sprzedawano do 1939 zakładom badawczym w Oranienburgu i zakładom Stahlwerk Mark A.G. w Hamburgu. 1 kwietnia 1938 do Kowar włączono wieś Podgórze.