W czasie prezydentury Kagame doszło do szczególnego pogorszenia stosunków rwandyjsko-francuskich. W marcu 2004 roku Kagame publicznie skrytykował Francję za brak zaangażowania w przeciwdziałanie ludobójstwu w Rwandzie, co wywołało pierwszy poważny kryzys dyplomatyczny. W listopadzie 2006 roku Rwanda zerwała stosunki dyplomatyczne z Francją i nakazała opuszczenie kraju w ciągu 24 godzin przez dyplomatów francuskichTies frayed by decades of tension, BBC News, 24 listopada 2006 po tym, jak francuski sąd oskarżył 9 wysokich rangą urzędników rwandyjskich o dokonanie zamachu na samolot prezydenta Habyarimany w kwietniu 1994 roku z rozkazu KagameRwanda leader defiant on killing claim, BBC News, 30 stycznia 2007.
Jako prezydent zarządził, by w Rwandzie nie używać pojęć określających przynależność etniczną, co ma posłużyć zakopaniu przepaści między Tutsi i Hutu. Walczył z nienawiścią etniczną, przestępczością, korupcją, rozbudowywał sieć dróg, inwestował w oświatę, usprawnił administrację.