Prezydentem Rwandy w lipcu 1994 roku został Pasteur Bizimungu. 19 lipca 1994 mianował on Paula Kagame wiceprezydentem i ministrem obrony. Obie funkcje Kagame pełnił do marca 2000 roku.
Jako wiceprezydent i minister obrony, Kagame był szczególnie aktywny podczas I wojny domowej w sąsiedniej Demokratycznej Republice Konga w latach 1996–1997, a następnie w czasie II wojny domowej w tym kraju w latach 1998–2003, w której Rwanda wspierała w walkach bojowników z plemienia Tutsi w walkach z organizacjami partyzanckimi Hutu – uchodźcami z RwandyQ&A: DR Congo conflict, BBC News, 15 grudnia 2004.
Prezydentura 17 kwietnia 2000 Kagame został wybrany prezydentem przez Zgromadzenie Narodowe, po usunięciu z tego stanowiska Pasteura Bizimungu. Powodem odsunięcia go od władzy był konflikt Bizimungu z Kagame. 22 kwietnia 2000 został uroczyście zaprzysiężony na stanowisku.
25 sierpnia 2003 w kraju przeprowadzono wybory prezydenckie, w których Kagame zdobył 95% głosów poparcia i został wybrany szefem państwa na 7-letnią kadencjęElections in Rwanda, African Elections DatabaseIncumbent wins in Rwanda's first presidential vote since genocide, USAToday, 26 sierpnia 2003.