Inwazja Rwandyjskiego Frontu Patriotycznego powtórzyła się rok później, a Rwanda pogrążyła się w wojnie domowejRwanda Civil War, Global Security.org.
Zakończenie walk przyniosło dopiero porozumienie w Aruszy (Tanzania), podpisane 4 sierpnia 1993Arusha Agreement. Zakładało ono włączenie RPF do rządu jedności narodowej, udział RPF w obradach parlamentu oraz przeprowadzenie w ciągu 22 miesięcy wyborów generalnych. Jednak pomimo porozumienia konflikt między Hutu i Tutsi nie został rozwiązany i tlił się nadal.
6 kwietnia 1994 w Kigali doszło do zestrzelenia samolotu z prezydentem Rwandy Juvénalem Habyarimaną i prezydentem Burundi Cyprienem Ntaryamirą na pokładzie. Hutu oskarżyli Tutsi o śmierć prezydenta i rozpoczęli ich eksterminację, co doprowadziło do wybuchu wojny domowej i rozpoczęcia jednego z największych ludobójstw XX wieku. W ciągu 100 dni walk zamordowano od 800 tysięcy do 1 mln Tutsi. W lipcu 1994 roku RPF pod dowództwem Kagame ostatecznie pokonał wojska rządowe Rwandy, bojówki Interahamwe oraz Impuzamugambi i przejął władzę w kraju. W obawie przed zemstą tysiące Hutu opuściło kraj i uciekło do sąsiedniego ZairuRwanda: How the genocide happened, BBC News, 1 kwietnia 2004Kalendarium wydarzeń wojny domowej (en.).