Departament WOP i podległe mu jednostki zreorganizowano po raz drugi w marcu 1947. W departamencie przeformowano Wydział Polityczno-Wychowawczy w zarząd oraz sformowano Wydział Morski i Wydział Łączności Specjalnej. Poza tym Wydział Przejściowych Punktów Kontrolnych i Konfliktów Granicznych nazwano Wydziałem Ruchu Granicznego i Konfliktów Granicznych, a przejściowe punkty kontrolne (PPK) na granicy – granicznymi placówkami kontrolnymi (GPK).
15 marca 1948 na jednostkach nawodnych Wojsk Ochrony Pogranicza wprowadzono banderę i proporzec WOP.
Wojska Ochrony Pogranicza w latach 1948–1950 mały|Bandera jednostek pływających WOP mały|Flaga lotnictwa morskiego WOP W 1948 na bazie Departamentu WOP sformowano Główny Inspektorat Ochrony Pogranicza. Podlegał II wiceministrowi obrony narodowej, gen. Stanisławowi Popławskiemu. Stan etatowy wynosił: 155 wojskowych i 21 pracowników kontraktowych.
Składał się on ze sztabu z wydziałami: operacyjnym, szkolenia bojowego, organizacyjno-ewidencyjnym, ruchu granicznego i konfliktów granicznych, łączności specjalnej.