Rozkazem z 21 września 1946 powołano Centrum Wyszkolenia WOP. Miało ono być zlokalizowane w Rawiczu, jednak z braku pomieszczeń zorganizowano je w Ostródzie. Po przeniesieniu centrum do Kętrzyna powstała tam w roku 1949 Oficerska Szkoła WOP.
Rozkaz ND WP nr 077/Org z 13 lutego 1947 roku nakazywał prowadzenie dalszych zmian w strukturze organizacyjnej WOP. Rozformowano wówczas 6 i 8 komendy odcinków oraz 26, 29, 33, 37, 38, 42, 43, 47 i 48 strażnice Poznańskiego Oddziału WOP, a także 109 strażnicę Oddziału Bałtyckiego. 15 komendę odcinka Oddziału Bałtyckiego WOP podporządkowano Oddziałowi Szczecińskiemu. Powołano samodzielną Krośnieńską Komendę WOP w Krośnie nad Wisłokiem. Na granicy południowej uruchomiono 16 przejściowych punktów kontrolnych małego ruchu granicznego. Do końca 1948 roku ich liczbę powiększono do 19. Powołano trzy nowe morskie placówki kontrolne w Ustce, Darłowie i Kołobrzegu. Zlikwidowano też PPK Siólko, Worubie i Zeissen, a zorganizowano drogowe w Świnoujściu i rzeczny w Gryfinie.
Na początku 1947 rozformowano w oddziałach grupy manewrowe. W drugiej połowie roku zorganizowano we wszystkich oddziałach WOP szkoły podoficerskie.