Odzew na nowe podejście terapeutyczne był znikomy. Nie zważając na opinie innych, Albert Ellis w 1959 roku założył własny Instytut Terapii Racjonalno-Emotywnej w Nowym Yorku.
W 1963 roku Ellis przeczytał artykuł Aarona Becka dotyczący myślenia w depresji. Widząc podobieństwo podejścia do chorób psychicznych skontaktował się z nim wysyłając mu część własnych prac. Od tej pory, mimo iż teorie obu naukowców różnią się, ściśle ze sobą współpracują. Albert Ellis wraz z Aaronem T. Beckiem i Donaldem Meichenbaumem uznani zostali za twórców terapii poznawczo-behawioralnej.
Ostatnie lata Albert Ellis miał trzy żony. Ostatnią z nich – Debbie Joffe – poślubił w 2003 roku, gdy miał 90 lat. Większą część swoich zarobków oddawał na konto Instytutu Terapii Racjonalno-Emotywnej w zamian za mieszkanie i obietnicę dożywotniej opieki medycznej. W 2004 roku przeszedł poważną operację wycięcia jelita grubego. Rada nadzorcza Instytutu stwierdziła, że wydatki na leczenie Alberta Ellisa są zbyt duże i obcięła fundusze na jego opiekę domową. Był to początek konfliktu między Albertem Ellisem a kierownictwem stworzonego przez niego Instytutu. W 2005 roku Albert Ellis został usunięty z rady nadzorczej Instytutu. Zapoczątkowało to serię spraw sądowych między nimi.