W 2006 roku Ellis zabronił Instytutowi posługiwania się jego imieniem, uznając, że Instytut żeruje na jego dorobku życiowym.
Schyłek jego życia naznaczony był przez poważne choroby. W 2004 roku wycięto mu jelito grube. Przez ostatnie lata mógł poruszać się jedynie na wózku inwalidzkim, a w 2006 roku dostał poważnego zapalenia płuc, przez które musiał być wielokrotnie hospitalizowany. Mimo wątłego zdrowia Albert Ellis zmarł 24 lipca 2007 roku z przyczyn naturalnych.
Wybrane publikacje The Folklore of Sex, Oxford, England: Charles Boni, 1951. The Homosexual in America: A Subjective Approach (introduction). NY: Greenberg, 1951. The American Sexual Tragedy. NY: Twayne, 1954. Sex Life of the American woman and the Kinsey Report. Oxford, England: Greenberg, 1954. The Psychology of Sex Offenders. Springfield, IL: Thomas, 1956. How To Live With A Neurotic. Oxford, England: Crown Publishers, 1957. Sex Without Guilt. NY: Hillman, 1958. The Art and Science of Love. NY: Lyle Stuart, 1960. A Guide to Successful Marriage, with Robert A. Harper. North Hollywood, CA: Wilshire Book, 1961. Creative Marriage, with Robert A. Harper. NY: Lyle Stuart, 1961. The Encyclopedia of Sexual Behavior, edited with Albert Abarbanel. NY: Hawthorn, 1961. The American Sexual Tragedy, 2nd Ed. rev.