Spowodowało to wypowiedzenie posłuszeństwa swoim biskupom przez członków Zgromadzenia – 1 lutego 1906 arcybiskupowi warszawskiemu Wincentemu Popiel-Chościakowi, a 8 lutego biskupowi płockiemu Apolinaremu Wnukowskiemu. W ciągu sześciu tygodni do połowy marca 1906 na mariawityzm przeszło 16 parafii rzymskokatolickich wraz z około 50–60 tysiącami wiernych. Pomiędzy lutym a kwietniem 1906 roku doszło do starć na tle religijnym, w których po obu stronach zginęło 18 osób, a kilkaset odniosło rany.
5 kwietnia 1906 papież Pius X podpisał encyklikę Tribus circiter potępiającą mariawitów, która została odczytana w kościołach katedralnych w Warszawie, Płocku i Lublinie w Wielki Czwartek 12 kwietnia 1906.
28 listopada 1906 władze carskie wydały dekret prawnie legalizujący działanie Związku Mariawitów w cesarstwie rosyjskim. W tej sytuacji mariawici – 33 duchownych, s. Maria Franciszka Kozłowska z siostrami zakonnymi i rzeszą wiernych organizowali się w niezależny Kościół Katolicki Mariawitów. Dekret nakazywał jednak mariawitom opuszczenie kościołów parafialnych. Wobec tego urzędowego nakazu mariawici w okresie czterech lat zbudowali 38 kościołów i 34 kaplice, organizując odrębne parafie w archidiecezji warszawskiej oraz diecezjach płockiej, lubelskiej, kieleckiej, sandomierskiej i sejneńskiej.