W 1911 w kościele ułożono posadzkę, w 1912 zamówiono nowe organy, a w 1913 wybudowano dwa nowe ołtarze. W 1912 z nieznanych przyczyn w świątyni wybuchł pożar. W 1926 została rozebrana XVIII-wieczna dzwonnica, a w 1927 wybudowano obecnie istniejącą plebanię.
right|thumb|250px|Rynek w Biłgoraju zrujnowany po walkach z 1939; widoczne spalone i pozbawione hełmów wieże kościoła Kościół poniósł bardzo ciężkie straty podczas II wojny światowej. Działania z 1939 doprowadziły do zrujnowania świątyni. 11 września 1939 podczas największego pożaru miasta obiekt został zupełnie spalony. Ogień strawił wyposażenie wnętrza łącznie z ołtarzami; runął dach, stopiły się dzwony i hełmy na wieżach. Udało się natomiast uratować naczynia liturgiczne oraz księgi metrykalne.
Obecny kościół murowany (okres po 1939) W czasie okupacji niemieckiej (1939-1944) dzięki staraniom proboszcza, ks. Czesława Koziołkiewicza, dokonano prowizorycznych napraw, które skutecznie zabezpieczyły świątynię przed dalszą dewastacją. Jednakże gruntowna odbudowa kościoła ze zniszczeń miała miejsce dopiero po 1944. Wtedy przeprowadzono kompletny remont, m.in. naprawiono wieże, w 1945 zakupiono żyrandole, a w 1950 poświęcono i zamontowano trzy dzwony.