Do niedawna gepard umieszczany był w monofiletycznej podrodzinie Acinonychinae, obecnie na podstawie dowodów genetycznych i klastrów tworzy klad wraz z Puma concolor i Puma yagouaroundi, których drogi rozwojowe rozeszły się 6,9 mln lat temu. Mutacja genetyczna w jednym locus wytwarza pręgowany wzór u tak zwanego „geparda królewskiego”, niegdyś klasyfikowanego jako oddzielny gatunek, A. rex; jego zasięg jest ograniczony do gęściej porośniętych obszarów Afryki Południowej, skupionych w Zimbabwe, z odosobnioną obserwacją w Afryce Zachodniej. Takson raddei został włączony do venaticus, natomiast taksony fearonii, ngorongoroensis, obergi, raineyi i velox do jubatus. Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World rozpoznają cztery podgatunki. Podstawowe dane taksonomiczne podgatunków (oprócz nominatywnego) przedstawia poniższa tabelka:
Podgatunek Oryginalna nazwa Autor i rok opisu Miejsce typowe HolotypA. j. heckiAcinonyx hecki Hilzheimer, 1913Senegal.Żywe zwierzę z Ogrodu Zoologicznego w Berlinie.A. jubatus soemmerringiCynailurus soemmeringii Fitzinger, 1855Stepy Kababisz, pustynia Bajuda, Sudan.Samiec żyjący w menażerii w Schönbrunn w Wiedniu.A.