Nie jest także zgodna wstecz z wersją 4.x – usunięte zostały niestandardowe kolekcje takie jak document.layers[], zastąpiły je metody getElementById() i getElementsByTagName(), co nie spodobało się wielu webmasterom przyzwyczajonym do starych sposobów tworzenia witryn, oraz wielu użytkownikom, których ulubione strony po prostu nie chciały działać w Netscape 6.
Inne nowości w Netscape 6.0 to tzw. panel boczny (ang. sidebar), który może wyświetlać krótkie strony WWW (przydaje się do monitorowania internetowych serwisów informacyjnych) oraz dostęp do wyszukiwarki bezpośrednio z paska adresu. Klient poczty obsługuje już wiele kont POP3. Dostarczany w starszych wersjach osobno AOL Instant Messenger jest teraz dostępny jako element składowy przeglądarki.
Netscape 6.0 jest pierwszą przeglądarką Netscape’a obsługującą język XUL, dzięki czemu pozwala na tworzenie do niej szerokiej gamy rozszerzeń.