Równolegle inżynierowie Netscape rozwijali nowy silnik przeglądarki znany jako NGLayout lub Raptor (z powodów prawnych nazwa została zmieniona na Netscape Gecko), który cechował się lepszą obsługą standardów internetowych, mniejszym rozmiarem i większą szybkością.
W listopadzie 1998 zapadła decyzja o anulowaniu „klasycznego” Netscape’a 5.0 i oparciu nowej wersji programu właśnie na Gecko. Praca programistów Netscape przez następne lata skupia się na rozwoju nowej przeglądarki o nazwie kodowej SeaMonkey, która poza logo i nazewnictwem niewiele miała wspólnego z wcześniejszymi przeglądarkami tego przedsiębiorstwa.
Również w listopadzie America Online kupuje większościowy pakiet akcji spółki i przejmuje Netscape.
Doprowadzenie nowego silnika do stanu używalności zajęło jednak tak wiele czasu, że zdecydowano się „przeskoczyć” jeden numer wersji, by psychologicznie przegonić Internet Explorera, który wówczas nosił numer 5.5.